香港特區(qū)政府部門分為政策局和執(zhí)行層兩部分，負(fù)責(zé)制定貿(mào)易政策的部門是商務(wù)及經(jīng)濟(jì)發(fā)展局，而執(zhí)行部門主要是工業(yè)貿(mào)易署和香港海關(guān)。
1. 商務(wù)及經(jīng)濟(jì)發(fā)展局
商務(wù)及經(jīng)濟(jì)發(fā)展局的前稱是工商及科技局，是特區(qū)政府負(fù)責(zé)統(tǒng)籌和制定工業(yè)貿(mào)易政策的部門，由工商及旅游科、通訊及科技以及政府資訊科技總監(jiān)辦公室組成。工商及旅游科負(fù)責(zé)的政策范疇，包括香港對外商貿(mào)關(guān)系、促進(jìn)外來投資、保護(hù)知識產(chǎn)權(quán)、為工商業(yè)提供支持、旅游、保障消費(fèi)者權(quán)益及促進(jìn)競爭。除上述政策事宜外，該局同時負(fù)責(zé)監(jiān)督轄下十個部門的運(yùn)作，包括投資推廣署、知識產(chǎn)權(quán)署、工業(yè)貿(mào)易署、香港天文臺、香港郵政、創(chuàng)新科技署、影視及娛樂事務(wù)管理處、香港電臺、電訊管理局及駐海外的香港經(jīng)濟(jì)貿(mào)易辦事處。
2. 工業(yè)貿(mào)易署
工業(yè)貿(mào)易署負(fù)責(zé)管理香港的對外貿(mào)易關(guān)系，執(zhí)行各項貿(mào)易政策及協(xié)議，包括簽發(fā)進(jìn)出口證和產(chǎn)地來源證，以及支持香港工業(yè)和中小企業(yè)的發(fā)展。工業(yè)貿(mào)易署下轄七個部門和四個委員會，具體為：
(1) 多邊貿(mào)易部：負(fù)責(zé)香港的對外多邊貿(mào)易關(guān)系；
(2) 區(qū)域合作組織部：負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)香港參加亞太地區(qū)經(jīng)濟(jì)合作組織事務(wù)，處理開拓市場和政府采購等多邊事務(wù)；
(3) 美洲部和歐洲部：分別負(fù)責(zé)香港與有關(guān)地區(qū)貿(mào)易伙伴的雙邊貿(mào)易關(guān)系；
(4) 內(nèi)地部：負(fù)責(zé)與內(nèi)地有關(guān)貿(mào)易協(xié)調(diào)和CEPA有關(guān)工作；
(5) 制度部：負(fù)責(zé)實施紡織品出口管制制度，協(xié)調(diào)有關(guān)政策以及負(fù)責(zé)產(chǎn)地來源證等事宜；
(6) 工商業(yè)支持部：負(fù)責(zé)支持和發(fā)展中小型企業(yè)；
(7) 工業(yè)貿(mào)易咨詢委員會：就影響香港工業(yè)貿(mào)易（紡織品及成衣貿(mào)易除外）事務(wù)，向工商及科技局提供意見；
(8) 紡織業(yè)咨詢委員會：就影響紡織及成衣業(yè)事務(wù)（勞工問題除外）向工商及科技局提供意見；
(9) 中小型企業(yè)委員會：就影響香港中小型企業(yè)發(fā)展事宜、所需采取措施向行政長官提供意見；
(10) 太平洋經(jīng)濟(jì)合作香港委員會：就香港參與太平洋經(jīng)濟(jì)合作議會（太平洋經(jīng)合議會）的事宜向政府提供意見；
(11) 客戶聯(lián)絡(luò)小組――工業(yè)貿(mào)易署：宗旨是為所有商號提供有效率、有禮貌以及高水準(zhǔn)的服務(wù)。為進(jìn)一步改善服務(wù)，該署設(shè)立四個客戶聯(lián)絡(luò)小組（即紡織品客戶聯(lián)絡(luò)小組、戰(zhàn)略物品客戶聯(lián)絡(luò)小組、中小企業(yè)客戶聯(lián)絡(luò)小組及食米業(yè)客戶聯(lián)絡(luò)小組），以加強(qiáng)與客戶的溝通，集中討論如何改善服務(wù)，而非政策咨詢。
3. 香港海關(guān)
香港海關(guān)負(fù)責(zé)日?？诎锻P(guān)監(jiān)管工作外，還負(fù)責(zé)對紡織品和戰(zhàn)略物品等進(jìn)行管制，反走私、反毒品及反盜版侵權(quán)及維護(hù)消費(fèi)者權(quán)益等執(zhí)法工作。香港海關(guān)分為5個部門：
(1) 行政及人力資源發(fā)展處：負(fù)責(zé)有關(guān)部門內(nèi)務(wù)行政、財務(wù)管理、人力資源管理、中央支持、培訓(xùn)及招聘、制定對整個香港海關(guān)有影響的新法例，并檢討各項有關(guān)的程序、命令和制度、負(fù)責(zé)部隊內(nèi)的檢控工作、調(diào)查公眾的投訴；
(2) 邊境及港口處：負(fù)責(zé)所有關(guān)于出入境管制站海關(guān)管制和便利清關(guān)職能的事宜以及推行與這些事宜有關(guān)的政策；
(3) 稅務(wù)及策略支持處：負(fù)責(zé)有關(guān)保障稅收及稅務(wù)管制、應(yīng)課稅品、向首長級人員提供智囊服務(wù)和行政支持服務(wù)、項目籌劃和發(fā)展的工作、資訊科技發(fā)展、國際海關(guān)聯(lián)絡(luò)及合作、協(xié)調(diào)代理服務(wù)；
(4) 情報及調(diào)查處：負(fù)責(zé)關(guān)于毒品、知識產(chǎn)權(quán)、制訂政策和策略以推廣在海關(guān)行動中進(jìn)一步使用情報和風(fēng)險管理的事宜，指示有關(guān)保護(hù)知識產(chǎn)權(quán)事宜的執(zhí)法和調(diào)查工作，并負(fù)責(zé)調(diào)查和制止非法販運(yùn)危險藥物、執(zhí)行毒品/有組織罪行資產(chǎn)充公法例條文、管制化學(xué)品；
(5) 貿(mào)易管制處：負(fù)責(zé)商務(wù)及經(jīng)濟(jì)發(fā)展局管轄內(nèi)有關(guān)貿(mào)易管制的事宜，貿(mào)易管理及保障消費(fèi)者的執(zhí)行工作。
在貿(mào)易方面，香港海關(guān)與工業(yè)貿(mào)易署密切合作，負(fù)責(zé)對工廠和貨物的巡查、非法貿(mào)易調(diào)查及檢控，打擊虛報產(chǎn)地來源和貨物價值、非法轉(zhuǎn)動紡織品及非法戰(zhàn)略物品貿(mào)易等活動。
4. 其它相關(guān)部門
根據(jù)《香港法例》有關(guān)規(guī)定，漁農(nóng)自然護(hù)理署、食物環(huán)境衛(wèi)生署、運(yùn)輸署、土木工程署、電訊管理局、衛(wèi)生署、環(huán)境保護(hù)署、香港警務(wù)處、政府統(tǒng)計處等，可單獨(dú)或與有關(guān)部門聯(lián)合對不同的進(jìn)出口商品進(jìn)行管理。
