1. 出口限制措施
全面控制（Ｃａｔｃｈａｌｌ）制度是日本為防止大規(guī)模殺傷性武器和技術(shù)流出而采取的出口管制制度。從２００２年起，由政府收集信息，制定并公布《全面控制出口管制外國最終用戶名單》（以下簡稱“名單”），每年４月修訂一次。日本出口企業(yè)在向被列入《名單》的企業(yè)和組織出口有關(guān)敏感貨物、技術(shù)時，須向日本經(jīng)濟產(chǎn)業(yè)省進行“事前咨詢”。該項措施實際上是審批，如得不到該省認可，貨物或技術(shù)不得出口。２００２年以來，日本政府每年將多家中國公司、科研機構(gòu)和大學列入日本實施的《全面控制出口管制外國最終用戶名單》（以下簡稱“名單”）。２００８年６月日本經(jīng)產(chǎn)省公布了２００８年度“全面控制出口管制外國最終用戶名單”，中國企業(yè)新增５家、刪除２家，總數(shù)增至１７家，比２００７年增加３家。被列入名單中的中國實體有的長期從事中日貿(mào)易，有的是日本企業(yè)的長期客戶，由于被列入“名單”，其對日相關(guān)進出口業(yè)務已被迫停止，甚至影響到與其他國家貿(mào)易往來。美國政府將該《名單》登載在相關(guān)網(wǎng)站上，造成美企業(yè)拒絕與《名單》中的中國實體開展業(yè)務或中止正在進行的業(yè)務。這既不利于中日貿(mào)易的長期穩(wěn)定發(fā)展，也有損于日本企業(yè)的自身利益，使兩國企業(yè)均遭受了不應有的損失。中方希望日方能采取切實措施，盡快將中國實體從名單中刪除。
2. 服務貿(mào)易壁壘
日本在服務貿(mào)易方面也設有眾多市場準入壁壘。例如建筑業(yè)，由于日本尚未開放勞務市場，加之本國固有的承包、分包體系，外國企業(yè)很難進入日本建筑市場。再如海運業(yè)，在日本的現(xiàn)行港運體制中，外國船公司只能租用碼頭，而無法進入碼頭裝卸等服務市場。而根據(jù)《船舶法》的有關(guān)規(guī)定，日本國內(nèi)海運市場，原則上只對日籍船只開放，雖然不限制外國企業(yè)對國內(nèi)海運事業(yè)的直接投資，但必須在日本國內(nèi)設立企業(yè)后方可進入該行業(yè)。
3. 技術(shù)性貿(mào)易壁壘（TBT）
(1)加強對化學品管制
２００８年１１月，日本政府表示將在２０１０年以法律形式要求從事化學品業(yè)務的相關(guān)企業(yè)就化學品產(chǎn)量、進口量以及用途等每年向政府報告一次，目的是對可能造成環(huán)境和健康危害的化學品進行嚴格管理。這項制度被稱為“日本版ＲＥＡＣＨ”。新制度將在對現(xiàn)有的“化學物質(zhì)審查規(guī)制法”修改的基礎(chǔ)上引入。經(jīng)濟產(chǎn)業(yè)省、環(huán)境省、厚生勞動省已草擬了相關(guān)方案，并將在２００９年提交國會審議。日本版ＲＥＡＣＨ 將對兩萬多種化學品規(guī)定報告義務。政府通過對企業(yè)報告資料的匯總分析來把握化學物質(zhì)總量，并監(jiān)督其不會對環(huán)境和國民健康造成損害。同時，政府還將公布危險性較高的“優(yōu)先評價物質(zhì)”，并把有害化學品由３５４種增加到４６２種。對危險化學品將實行從供貨商到生產(chǎn)的全過程管理。估計這項制度的實施將涉及日本包括化學品生產(chǎn)、汽車、電器等數(shù)千家企業(yè)。由于這項制度的實施可能給中國相關(guān)出口企業(yè)帶來負面影響，增加出口成本和出口難度，中國對這一提案表示關(guān)注。
(2)頻繁修改食品質(zhì)量標簽要求
日本對于食品質(zhì)量標簽要求修改非常頻繁。２００８年日本農(nóng)林水產(chǎn)省先后宣布對魚片、火腿、香腸、醋、調(diào)味料、脫水湯料、掛面、方便面、糙米和精米、醬油、番茄、咸肉等約２０種食品的標簽標準進行修改，除了修正定義外，還提高了上述產(chǎn)品的配料清單標示要求。中方認為，日本對于食品標簽的修改過于頻繁，導致生產(chǎn)商將為了滿足日本的要求而不斷更改標簽，不必要地提高了生產(chǎn)成本。
4. 衛(wèi)生與植物衛(wèi)生措施（SPS）
中國是日本第二大農(nóng)產(chǎn)品和食品供應國，對于中國輸日農(nóng)產(chǎn)品，日本堅持采取一些非常規(guī)入境檢疫措施，使中國相關(guān)產(chǎn)品對日出口受到一定影響。
(1)高標準農(nóng)獸藥殘留指標
肯定列表實施后，日本不斷大幅提高各類農(nóng)產(chǎn)品中農(nóng)獸藥殘留指標，２００８年先后加強環(huán)丙酰亞胺、戊唑醇、替米考星、莠滅凈、稻瘟靈、茚草酮、苯酮唑、禾草丹、吡草醚、氟酰胺、氟蟲酰胺、苯噻酰草胺、苯并雙環(huán)酮、乙蟲清、歐索林酸、肟醚菌胺、苯噻菌胺、呋草黃、蟲螨脒、環(huán)氧乙烷、二氯丙烯胺、烯酰嗎啉、環(huán)丙氨嗪、氯吡嘧磺隆、咪唑菌酮、噻嗪酮、甘草酸、沃尼妙林、氟啶蟲酰胺和雙炔酰菌胺的最大殘留限量，其中很多殺蟲劑殘留限量指標都嚴于國際標準。
(2)禽肉生品出口問題
２００４年１月，日本因中國部分地區(qū)發(fā)生高致病性禽流感疫情而全面停止中國禽鳥及其產(chǎn)品的進口。其后，日方同意有條件解除對中國熟制禽肉的進口限制，先后分兩批開放中國９１家禽肉熟制品企業(yè)對日出口。２００７年１月１８日，國家質(zhì)檢總局曾與日本農(nóng)林水產(chǎn)省會談，希望日方恢復從中國無規(guī)定疫病示范區(qū)的優(yōu)秀企業(yè)進口禽肉凍品。日方表示，在有關(guān)ＯＩＥ非疫區(qū)生產(chǎn)小區(qū)的具體適用標準制定后，盡最大能力使此問題盡快得到解決。后因“餃子事件”等食品質(zhì)量安全問題影響至今沒有解禁。
(3)肯定列表制度問題
日本于２００６年５月２９日開始實施食品中農(nóng)業(yè)化學品肯定列表制度?？隙斜碇贫葘嵤┙陙?，給中國食品農(nóng)產(chǎn)品對日出口帶來巨大影響。日本是中國農(nóng)產(chǎn)品出口的第一大市場，肯定列表制度的實施直接影響到中國近８０億美元的出口額，涉及６０００多家對日農(nóng)產(chǎn)品出口企業(yè)，以及主產(chǎn)區(qū)的經(jīng)濟發(fā)展和農(nóng)民增收。盡管日本肯定列表制度是以維護國內(nèi)消費者利益為名設立的，但是日方在設定標準和具體執(zhí)行當中存在明顯的不合理與歧視性，使得肯定列表制度成為事實上貿(mào)易壁壘，并突出表現(xiàn)為以下兩個特點：
第一，標準設定不合理、不科學，存在歧視性標準。根據(jù)世界貿(mào)易組織ＳＰＳ協(xié)定，“各國設定的影響產(chǎn)品國際間流動的技術(shù)標準必須處于科學、合理的水平，且這一水平需要進行風險評估”。但是，日本肯定列表制度設定的５萬多項藥物殘留標準中，只有１萬多項是通過科學實驗得到驗證的正式標準（日本稱“現(xiàn)行標準”），剩余的４萬多項還需通過評估后才能轉(zhuǎn)化為正式標準（日方稱“暫行標準”）。日方曾承諾在５年內(nèi)完成對所有暫定標準的審核工作，將其轉(zhuǎn)為正式標準。但從目前的情況看，日方此項工作進展非常緩慢，制度實施后已有兩年多時間，調(diào)整過的標準僅幾百項，今后即使按照年修改１０００項標準的進度計算，也要４０年的時間才能完成所有暫定標準的審核，這與其承諾的時限相距甚遠。
日本還設定了所謂的“一律標準”，即對沒有設定具體標準的藥物殘留，一律執(zhí)行０．０１ＰＰＭ 的標準。而國際通行的做法是依據(jù)毒理學評價結(jié)果，并考慮“每日允許攝入量（ＡＤＩ）”和“良好農(nóng)業(yè)規(guī)范（ＧＡＰ）”。不同農(nóng)藥的ＡＤＩ不同，不同食品對ＡＤＩ的貢獻不同，農(nóng)藥暴露量和安全風險也不一樣。日本對不同食品種類制定“一律標準”的做法，既不符合國際規(guī)則，也不符合ＳＰＳ協(xié)定的科學原則。此外，日本在制定標準過程中，存在明顯的歧視行為。對本國能夠大量生產(chǎn)的農(nóng)產(chǎn)品，農(nóng)獸藥殘標準相對寬松，對于主要從中國進口的農(nóng)產(chǎn)品，即便是相同品種的農(nóng)獸藥，卻適用更加嚴格的殘留限量標準，違反了ＷＴＯ的非歧視原則，形成事實上的貿(mào)易壁壘。按目前日本有關(guān)法規(guī)規(guī)定，如果一種農(nóng)產(chǎn)品被查出違規(guī)案例達到一定標準，日方即可啟動監(jiān)控檢查或命令檢查，但是日方對違規(guī)案例的批次、解除監(jiān)控檢查或命令檢查的條件和程序卻沒有做出相應規(guī)定。從目前情況看，經(jīng)常是發(fā)生兩例藥殘后就開始監(jiān)控檢查或命令檢查，實施過于草率。而且即使中方政府、行業(yè)和企業(yè)迅速采取有效措施，杜絕了此類超標情況，日方也遲遲不能解除命令檢查，嚴重影響了雙方正常貿(mào)易的進行。
第二，檢查措施內(nèi)外有別，阻礙公平貿(mào)易。盡管日方一再聲稱，對內(nèi)對外一視同仁。但實際上對進口食品和國內(nèi)食品采取“外緊內(nèi)松”的差別待遇，主要表現(xiàn)為：一是抽查比例不同。進口食品抽查比例平均為１０％，有些甚至為５０％、１００％。而國內(nèi)食品，以東京都為例，抽查比例不足１％。二是檢查項目不同。２００６年度日本對進口食品檢查農(nóng)藥４４８項，獸藥１０５項、飼料添加劑３項，合計５５６項。而對國內(nèi)食品的檢查項目則很低，比如東京都２００６年只對５０項農(nóng)藥和４９項獸藥進行檢查，并缺少像孔雀石綠和硝基呋喃這樣日本國內(nèi)也在使用的重要項目。三是監(jiān)管模式不同。對國內(nèi)食品查出超標后，只對該批食品進行處理，對同類食品并不采取強化檢查措施，而對進口食品則采取兩批超標即對同類食品實施命令檢查做法。四是超標信息披露形式不同。各地方政府對查出超標食品信息往往沒有公開，或者拖后很長時間才公開，比如東京都的超標信息只能查到２００３年。這與進口食品一旦被查出超標，立即進行大張旗鼓宣傳的做法大相徑庭。
5. 其他壁壘
隨著中日兩國經(jīng)濟貿(mào)易關(guān)系的日益密切，兩國間商務人員往來也越來越頻繁。中國外交部規(guī)定，為便于持普通護照的日本國公民前來中國大陸旅游、經(jīng)商、探親訪友或過境不超過15天者，可免辦簽證從中國對外國人開放口岸入境。與此相反，日本政府至今仍對中國商務人員赴日簽證設置煩瑣的申請程序，使中國企業(yè)赴日帶來諸多不便。日本入境管理當局對中國在日中資企業(yè)工作人員在留資格的取得和更新設置了苛刻的審查標準，影響了中資企業(yè)用工自由及業(yè)務開展。
