1.貿易部
印度尼西亞主管貿易的政府部門是貿易部，其職能包括制定外貿政策，參與外貿法規(guī)的制定，劃分進出口產品管理類別，進口許可證的申請管理，以及制定進口商和分派配額等事務。
印度尼西亞政府在實施進口管理時，主要采用配額和許可證兩種形式。適用配額管理的主要是酒精飲料及包含酒精的直接原材料，其進口配額只發(fā)放給經(jīng)批準的國內企業(yè)。適用許可證管理的產品包括工業(yè)用鹽、乙烯和丙烯、爆炸物、機動車、廢物廢品、危險物品，獲得上述產品進口許可的企業(yè)只能將其用于自己的生產。其中，氟氯化碳、溴化甲烷、危險物品、酒精飲料及包含酒精的直接原材料、工業(yè)用鹽、乙烯和丙烯、爆炸物及其直接原材料、廢物廢品、舊衣服等九類進口產品主要適用自動許可管理；丁香、紡織品、鋼鐵、合成潤滑油、糖類、農用手工工具等六類產品主要適用非自動許可管理。為方便進口，印度尼西亞貿易部推行網(wǎng)上辦理進口許可證，全國一站式服務只需8小時，相較手工辦理許可證的5-10天時間效率大幅度提高。
2. 藥品食品監(jiān)督管理局
2001年，藥品食品監(jiān)督管理局（The National Agency of Drug and Food Control, NA-DFC, 印尼語的縮寫為BOPM），從衛(wèi)生部獨立出來，成為印尼國家層面具體負責藥品與食品監(jiān)督管理的機構，職責包括對藥品、生物制品（包括疫苗）、麻醉和精神類產品、傳統(tǒng)藥物、食品補充劑、加工食品、化妝品、危險物質進行上市前的評估和預警、上市后的監(jiān)管，并負責產品的注冊。其主要任務是：
- 利用國際標準實施上市前和上市后的監(jiān)管；
- 持續(xù)實施質量管理體系
- 優(yōu)化不同產業(yè)利益相關方之間的關系
- 使公眾能有保護自己免受健康風險的能力
- 建設一個具有學習能力的組織
為最低限度地降低可能發(fā)生的健康風險，BOPM的管控體系主要從三個方面進行，即生產者、消費者、政府。 BOPM的管理人員主要包括主席、監(jiān)察員以及各署的常任秘書長。BOPM下設國家食品藥品管理實驗室、食品藥品投資中心、食品藥品研究中心、食品藥品信息中心，在31個地區(qū)設立了辦公室。根據(jù)所管控的產品范圍，BOPM將其職能分為三大塊。
3. 衛(wèi)生部
印尼衛(wèi)生部（Ministry of Health Republic of Indonesia）是印尼主管衛(wèi)生工作的政府組成部門，衛(wèi)生部部長由總統(tǒng)任命對總統(tǒng)負責。衛(wèi)生部的主要任務在于協(xié)助總統(tǒng)執(zhí)行衛(wèi)生與健康領域的政府事務，職能包括：制定衛(wèi)生工作的法律、法規(guī)、政策與指南；擬定衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展規(guī)劃和戰(zhàn)略目標；制訂技術規(guī)范和衛(wèi)生標準并監(jiān)督實施；建立衛(wèi)生領域的國家信息系統(tǒng)與質量要求；確立醫(yī)療健康保險政策；制定衛(wèi)生技術與健康領域標準并發(fā)布指南；流行病監(jiān)控等。此外，衛(wèi)生部還對食品的進口實施監(jiān)管。
