香港保護環(huán)境的主要職能部門是香港環(huán)境保護署（環(huán)保署），環(huán)保署于1986年成立，負責統(tǒng)籌及推行預防和管制污染的工作，成為專責處理污染問題的政府部門。1986年至2005年3月31日期間，環(huán)保署主要負責執(zhí)行環(huán)保法例和推行環(huán)保政策，而環(huán)保決策主要由相關的政策局制訂（近年掌管這方面事務的是前環(huán)境運輸及工務局）。從2005年4月1日起，前環(huán)境運輸及工務局負責的環(huán)保決策工作已劃入環(huán)保署的權責范疇，即環(huán)保署可同時擬訂和推行環(huán)保政策。政府總部決策局于2007年7月1日重組后，新設的環(huán)境局負責監(jiān)督環(huán)保政策的擬訂和推行。
2007年7月1日完成重組架構后，環(huán)保署下設3個營運科、4個政策科、1個跨境科及1個部門事務科。各科的職責如下：
(1) 環(huán)境基建科：負責規(guī)劃、發(fā)展和管理廢物處理設施，如策略性堆填區(qū)、廢物轉動站及化學廢物處理中心，并負責推行減廢和有關污水的區(qū)域及地區(qū)性規(guī)劃的計劃。而渠務署則負責執(zhí)行環(huán)境基建科規(guī)劃的區(qū)域及地區(qū)性的污水處理計劃。
(2) 環(huán)境評估科：負責評估各項政策與策略性及本地計劃的環(huán)境影響，并處理根據(jù)《環(huán)境影響評估條例》提交的環(huán)評程序申請事宜。環(huán)境評估科亦負責制訂環(huán)境影響評估與環(huán)境噪音管理的政策、策略性規(guī)劃及工作綱領。
(3) 環(huán)保法規(guī)管理科：負責執(zhí)行污染法例，鼓勵和協(xié)助環(huán)保營商，做到遵守或甚至超越環(huán)保條例的要求。
(4) 空氣質素政策科：負責制訂空氣質素管理的政策、策略和工作綱領范疇。
(5) 水質政策科：負責為水質管理方面制訂政策、策略性規(guī)劃和發(fā)展項目，其中包括污水處理政策及由渠務署履行的策略性污水規(guī)劃和污水處理設施。
(6) 廢物管理政策科：負責制訂廢物管理的政策、策略和工作綱領范疇，當中涵蓋減少及回收廢物的政策。
(7) 自然保育及基建規(guī)劃科：負責制訂自然保育政策和發(fā)展綜合廢物管理設施，并且發(fā)展試驗性的可生物降解廢物處理廠及有權廢物處理設施，至于推行自然保育政策的工作則由漁農自然護理署負責。
(8) 跨境及國際事務科：負責與內地機關就共同關注的環(huán)保事務保持聯(lián)絡；并且制訂計劃，落實執(zhí)行《斯德哥爾摩公約》有關持久性有機污染物的規(guī)定。
(9) 部門事務科：負責部門行政支持、會計、資源管理、人力資源管理、資訊技術及知識管理，并且就人力資源管理的改革及部門發(fā)展提供支持。
?。▍⒖嘉墨I：《對外投資合作國別（地區(qū)）指南－－香港（2017版）》）
